以下の情報は不確定な点あり、知り得た範囲での掲載
令和2年12月28日付けで国家公安委員会規則、「自動車の保管場所の確保等に関する法律施行規則」の改正が行われたとのことだが、確認できないままでいる。

国土交通省のページ
https://www.mlit.go.jp/report/press/kouku01_hh_000107.html
 

　　　　印鑑不要の例外
　町の証明料金を徴される書類には公営住宅などの敷地を使用する場合の「保管場所使用承諾証明書」も含まれますので、この場合は自治体の長の証明料金が発生し、料金を払うと証明印が押印されます。
　これを不要と考え証明印を貰わずに済ませる方がいますのでお気をつけください（自治体にもよりますが、証明書作成担当［建設課住宅係等］と証明担当［住民課住民窓口係等］が別々ということもあり連携の問題もあります。 なお、新冠町はこの例によりますが、隣の新ひだか町は証明料金処理まで一括して建設課で対応しています）。
　つまり、2020年11月より9割以上の行政手続きにおける原則押印廃止をうけて決定した車庫証明制度で不要とする印鑑の扱いとは別の次元での自治体の証明制度にかかる証明の証（あかし）ということです。


通達文のような

以下のような官庁の通達文のようなものもあるが出所不明
鹿児島の行政書士のhpの奥深くにあった。http://www.synapse.ne.jp/mawatari/pdf/ouin.pdf



その後、判明　ここの行政書士のｈｐ「車庫証明作成要領」というものの7.項目目のネーミングを変えたもの。http://www.synapse.ne.jp/mawatari/pdf/tei.pdf
 

今までのこと
従来、車庫証明手続の場合、印鑑が必要だったのは次の２つ
1.　「申請書」（私が申請しますという申請書に押印する本人の印鑑）
2.　「使用承諾書」（駐車場を借りている場合等で駐車場オーナー、地主の印鑑）
１.も2.も省力化の観点から歓迎
しかし、２.のケースまでも印鑑が不要になるというから驚き！！
　保管場所使用承諾証明書　※保管場所使用権原疎明書面（自認書）も同様の取り扱い


署名でもない
パソコン又はゴム印による印字等は可能だが、その場合も権原者が作成した原本のみに限るという。カラーコピー等複製したものは使用できないという（署名するというものとも違うのか？）。
なお、従来通りの押印欄のある書類、そしてそこに押印があっても当面の間は従来通り受理される見通し（これは、[愛知県警]ｈｐからの引用だが、何かすっきりとしない）。
記名と自署、署名について
　記名　代筆、ゴム印、ワープロ等で氏名（住所等）を作成すること
　自署　本人が氏名（住所等）を自ら書くこと
　署名　本人が氏名を自ら書くこと
特にパソコンで印字されたものはコピーしても原本か否かの判別は出来ない。
なお、保管場所使用承諾証明書の一部書き損じは、書き損じた箇所に二重線を引き、承諾者（地主、ガレージの所有者、管理者など）が訂正することが必要。勝手に訂正すると、私文書偽造に問われることがある。

北海道警察ｈｐから
自動車保管場所証明申請（車庫証明関係）
PDF(352KB)　　　　　　Excel(108KB)
https://www.police.pref.hokkaido.lg.jp/down_load/13/02.pdf
「※承諾書の内容を訂正する場合は、承諾者が 訂正してください。」と記載例にあること。


東京都の例
　警視庁では、社会全体で急速に進展するデジタル化に対応するとともに、申請者等の利便性を向上させるため、令和2年12月3日、「行政手続のデジタル化を見据えた対応に関する規程」を施行

「保管場所使用承諾証明書について詳細がわからなかったので警視庁へ確認をしました。」というｈｐも参考になる（下記参照）。

回答

注意点として、押印が廃止になったことにより確認に時間がかかる可能性があるので、保管場所使用承諾書については引き続き押印があるものを使用したほうが審査が早くなる可能性があるということでした。
 
とのこと
こうなると北海道の場合、道警のきちんとした判断が必要と思うが、今のところ特に無いのではないか。結局押印するのか？何か釈然としない。
つまり、後のトラブルを避けるためにも可能であれば押印をもらうことを勧めるということか。

北海道独自の注意点　　 札幌車庫証明代行センターから
　　　https://car.99soudan.net/attention.html
1から7まであって、7に押印のことが出ている。

７　押印不要
令和3年1月から車庫証明に関する書類の押印が不要になりました。なお、押印がある申請書・使用承諾・委任状についてはこれまで通り受け付けます。
・自動車保管場所証明申請書：押印不要
・使用承諾証明書（使用権限疎明書面）：押印不要
・行政書士専用委任状：代理人申請を行う場合は添付する必要がある。ただし、押印までは求めない。
 

ここでも行政書士の委任状のことが出ているが、何となくこれで良いのか？と思う次第ですが、印鑑が無くても良いという方向は歓迎。


 
証紙割印や委任の扱いが不統一

上の説明中の行政書士専用委任状に関連して、以下のように説明しているｈｐ（車庫証明代行センター釧路）がある。ただ、収入証紙割印は静内警察署では4月から不要とされている。また、窓口にあった証明書受領印押印台帳は無くなっていた（個人情報の見地からも如何なものかとは感じていたが）。
 
　車庫証明申請書類への押印が不要となりました
令和３年１月より「自動車保管場所証明申請書」「自動車保管場所届出書」「自認書」「保管場所使用承諾証明書」への押印が不要になりました。
また、行政書士の代理申請の場合、申請者から委任状をいただくことがありますが、この委任状についても委任者（申請者）の押印は不要です。申請書への行政書士職印押印については、北海道警察より押印してもしなくても構わないとの回答がありました。
ただし申請時に貼付する収入証紙への割印は、従来通り必要とのことでしたので、申請時には印鑑を持参する必要があります。

※その後修正　当該ｈｐでも収入証紙割印は不要と改訂されている。


車庫証明申請書の今まで押印していた箇所を以下のように、二線で削除したところ警察署では何もしないでそのまま使用することの指摘を受けました。　2022.11.4

2022.11.08受領の証明書には以下の通り㊞を二線で削除したところに警察署長の訂正印が押してあった